Да как всегда новые программы новые баги, Я немного разобрался:
Flame работает с FBX м 5.0
Нормально Экспортит только через родной плаг для Maya 5.0 так что если работаешь с версией Maya 6.XX То тут начинаются волшебные манипуляции.
Alias Motion Builder 5.5 - 6.01 полностью не совместимы, конвертер который там встроен FbxConverterUI.exe который как написано, должен све делать волшебно ничего этого не делает, так что вариант поставить 5 и через старый плаг у меня все получилось. Интересно что будет дальше ...