Также полезен скрипт Mesh->Clean Meshes
Очищает мультиматериал, если он не присвоен, какой либо грани меша... и многое другое... ну а далее,как dengess прописал: сохранение и переоткрытие, файла удаляет лишние блоки данных материалов, которые ни к чему не привязаны...