объединение нескольких пдф в один файл делается в акробате, и совсем не "руками", а например d&d группы файлов (пусть их даже 100 штук) в панель Pages. А в 6-м так и вовсе стало прекрасно: меню File -- Create PDF -- From Multiple Files -- Browse (например for pdf, multiple selection allowed), затем быстро поправляешь очередь -- OK
есть софт типа "ARTS Split&Merge" делающий с пдф то же самое, помимо прочего
ну и с незапамятных времен можно было заставить дистиллер склеивать постскрипты в один пдф