у меня часто не удаляется автоматом Blue (в CMYK), но удаляется после перезагрузке файла. видимо, где-то запись о его использовании сохраняется даже после чистки библиотек.
в версиях до 10-ки включительно я проверял наличие ненужных цветов CMYK элементарно - просмотром активных сепараций в Separation Setup. гарантированный способ.