Самым узким местов современных компах является диск. сскорость вращения, плотность записи на пластину, протокол --- всё влияет.
Вторым, в твойм случае, узким местом может быть видеокарта --- не знаю как она в 3D, но для издательских целей карта явно не подходящая. Озадачься приобретением любого Matrox-а, хотя бы и G200 (см. на форуме, это уже обсуждалось).
Ну и некоторые хитрости настройки.
Во-первых, не вытаскивай на экран все палитры, какие есть в InD, а только те, которые нужны именно сейчас. Те, которые выведены на экран, распологай так, чтобы они не перекрывали друг друга, линеек и полос прокрутки.
В Preferences в разделе Display Performance отключи Enable AntiAliasing.
В разделе General назначь Temporary Folder на отдельный физический диск, за неимением отдельного диска --- на отдельный раздел.
У меня, например, винт один, но разбит на три раздела: для системы и софта, для хранения всех моих данных и для размещения всяких Temp-ов.