Геморно конечно... но можно каждый пнг посохранять в тга, предварительно сделав альфа-канал из прозрачности (контрол клик в слой, в списке каналов - создать новый, выделенное залить белым), сделать flatten image (в пнг с прозрачностью есть единственный слой, и его надо сделать бэкграундом, т.к. тга слои не понимает), при сохранинии тга выбрать 32bits/pixel.
Потом склеить тга-шки твоей этой программкой, потом открыть полученный файл в шопе, контрол клик по альфа каналу, перейти на слой бэкграунд, вырезать/вставить, бэкграунд удалить. Дальше save for web, png, прозрачность...
Не знаю, получится ли записать из всех этих действий Action, тогда было бы гораздо удобней...
Главное, чтобы сама эта склеивающая программа поддерживала альфа канал в тга.
Ну или руками клеить в шопе эти пнг...
Даже не знаю, что быстрее )