Не удивительно. Надо или править руками(делать разбиение бокового полика на квадраты с вершинами в вертексах) или сделать то же самое из бокса двиганием вертексов с сеткой 6x6x6, например, а не с тем ужасом, что у тебя на картинке. А потом уже чамфер и мешсмус.
Всё потому, что сглаживание фигово работает с неквадратными поликами. треугольники ещё переваривает, но если больше - то появляются косяки вроде твоего.