В CS4 есть скрипт File-->Scripts-->Export Layers to Files.. (идет вместе с программой).
Сохранит каждый слой в отдельном файле, формат на выходе можно любой выбрать, у каждого файла имя слоя(можно назначить префикс).
Если я правельно понимаю концепцию слоёв в PS, то слои немогут быть разного размера.