Так... Если первый кадр из Макса полностью перекрыт объектом, то АЕ альфу проигнорирует. Кажется, он щупает её по первому левому верхнему пикселю или как-то в этом духе. Лечится просто: открываешь втянутый футаж, отматываешь на то место, где виден бэк, который должен быть прозрачным, вызываешь интерпретацию футажа и пипеткой берёшь цвет. Должно получиться.
Далее. Страйт или премультиплай. Это очень важно, чтобы не наблюдать "...тоненькую окантовку вокруг объектов сцены на границе с прозрачным фоном, цветом который выставлен в background". Это происходит обычно в режиме страйт. Премультиплай эту окантовку душит. Или пользуй плугин, аналогичный Шоповскому - Remove Color Matting.