Я тоже не смог с апдейтом работать. Он нестабилен: при попытке выделить объект с атрибутом Locked Инд 3.0.1. неизменно у меня вылетал.
Обратной совместимости с версией 3.0 у документа indd 3.0.1 действительно нет. Оговорюсь: у меня билд 404, но апдейт при установке не проявил по этому поводу никакого негодования.