на маке преференсы практически всех программ хранятся в системной папке. там ты и найдешь файл Adobe Illustrator 10.0 Prefs (это то, что на РС AIprefs). причем, заметь, файл без расширения.
остальные файлы ищи тоже без расширения. Adobe Illustrator Startup_CMYK и Adobe Illustrator Startup_RGB лежат в папке иллюстратора. Файл Plug-in Cache (расширения нет!) - ищи или в папке иллюстратора (для старого илла и макос9) или в системной папке преференсов (для 10-ки илла и макос Х).
Но, IMHO, отсутствие строки меню Swatch libraries не может иметь отношения к файлам-шаблонам, какими являются Startup-файлы. Это - проблема настроек не файла, а программы. то есть удали префы или/и плагин кэш. на всякий случай проверь, в правильной ли папке лежат твои библиотеки и нет ли случайной ошибки в ее имени.
удачи!