В каждом конкретном случае используются разные подходы, в зависимости от крупности, длины шота и т.д.
То, что видится как один и тот же эффект, на самом деле может быть сделано по-разному даже в пределах одной сцены, так что простой рецепт дать не получится.
Но вообще, да, в Афтер Эффектc можно многое сделать, хотя для работ такого уровня сложности лучше использовать нодовые композеры типа Фьюжн или Нюк.