Есть такая прога -- MathType. Может запускаться из Word, а может и как самостоятоельное приложение. Сохраняет формулы в EPS, WMF (кажется) и в TeX (LaTeX), причём, на сколько я помню, делает это так же, как Illustrator: для внешних програм это EPS, а для себя в этот же файл вся информация для редактирования записана в собственном формате.
Полнофункциональная Trial-версия на www.mathtype.com, серийник могу подкинуть. И даже русификатор интерфейса где-то валялся.