Такое чувство, что у тебя ещё какие-то объекты разбросаны по листу, например, пустые текстовые блоки, или узлы «потерянные». Выполни CleanUp для начала.
А потом очерти прямоугольник нужного тебе размера, расположи его так как надо относительно других объектов, и, оставив его выделенным, выполни Object->CropMarks-> Make (или ничего не выделяя сделай то же самое, тогда Mark-и создадутся по размеру Arboard)