Программа должна поддерживать режим дуатона. Я точно не знаю насчет этого, но смутно помню что были проблемы тоже. В общем, из дуатона вы можете просто перевести картинку в Multichannel, его в епс и он нормально по идее должен вывестись. Хотя тоже, кажись, не без заморочек.
Тут кажется векторые редакторы все не сильны, ну, если только вы не пользатель ArtPro.