Если облака и провода/ветки движутся, наверняка будет лучше сделать это в композе, т.к. сложно добиться плавности при покадровой обработке в ФШ.
В некоторых случаях помогает комбинация: подготовка клинплейта в ФШ и последующее его притречивание и маскирование во Фьюжене.