При сохранении в PSD никаких "опций" связанных с альфа-каналами нет, он просто хранит еще одно "нон-принт" изображение в файле, не более...
Попробуй описать действия подробней, подумаем вместе.
При сохранении в PSD?! Там только 2 чекбокса - Tumbnail и Extention, если, конечно, ты не делаешь Save a Copy.
Перед сохранением сделай Flattern Image и делай Save As...