Для начала прочти вот это:
http://forum.videoediting.ru/index.php?showtopic=5606
твой случай может исправить это:
["AVI Section"]
"Audio Memory Factor" = "2"
"Read MP3 files using Quicktime" = 00
"Read WAV files using Quicktime" = 00
Далее, Какой версии используешь QT? если 7-й, то удаляй и ставь 6.5, АЕ только с ним корректно работает.
Разберись в своих кодеках, может чего лишнего установила.
И на последок, В АЕ лучше работать с несжатом звуком, т.е. конвертни mp3 в wav.
Если времени нет разбираться с ошибками, то может помочи простое переименование расширения в avi(но это врЕменная мера, желательно разобраться до конца).