А Sonar Bookends не пробовал? У них там несколько специнструментов для книжного справочного аппарата. Испытывал в деле я только InXref (для перекрёстных ссылок - у него обнаружились грабли с кириллицей, которую мне даже через Unicode ввести не удалось..
А есть приблуда и для сносок. Потестишь - расскажешь?