Substance painter работает с форматами файлов *.fbx *.obj. Для экспорта первого типа файлов из ZBrush - ZPlugin -> FBX ExportImport. Для второго типа - Tool -> Export. Советую пользоваться экспортом в *.FBX формате.
Кроме того, ZBrush это не конечный продукт, он скорее для скетча\дизайна. Substance painter стоит гораздо ниже в пайплайне, и между этапами создания скульптуры в браше и покраски в пэинтере у вас пропущенны 2 важных этапа - Ретопология и UV развёртка.