Потому, что при применении масштабирования объекта, программа помнит реальный размер. Чтобы сбросить к текущему размеру, нужно применить Reset Xform, или, чтобы сильно не париться, в Editable Poly (Edit poly, Edit Mesh и т.д.) можно масштабировать все выделенные вешины. Но для верности в ответственных случаях всё равно Reset Xform + Convert to editable poly.