fbx анимация может не работать по очень различным причинам. Поэтому вопрос необходимо формулировать конкретнее, как минимум нужны ответы на:
Вопрос 1 - стоит ли галочка animation в экспортёре?(и вообще что стоит в экспортёре?)
Вопрос 2 - где и как просматриваешь анимацию, чтобы понять, какие анимации работают, а какие нет?
Вопрос 3 - скрин рига плиз, может система слишком мудрённая?