Смысл такой. На некоторых плагах может стоять атрибут "только чтение" - проверь, сними. Это одно. Второе. У меня были похожие проблемы. Бывало, что под одним AE-серийником одни плаги не работаю, другие работают. А под другим - наоборот. Я переставлял АЕ поддругим серийником, не переставляя заработавших плагов, а переставляя те, которые не..
Всё начинало работать.
Но что инересно. Последнии разы когда ставил АЕ на свежую операционку, те плаги которые раньше бывало отказывались сериализоваться, щас работают с пол оборота. Те же BOrisAE и FinalFX. (у меня с этими плагами тоже проблемы были). Так что... пробуй.