Да, все понятно, так не выйдет, при добавлении костей модификатор должен быть активен.
А сколько вершин в объекте? И не слишком ли будет добавлять кость на каждую? Может потому тормозит? У меня добавлялось сто с лишним костей с настройками енвелопов и это на лицевой риг, хватало за глаза и я не скажу что кости добавлялись медленно.
Собственно других способов добавить кость в скин я не нашел, кстати вот из хелпа про addbone, обрати внимание на последний параметр, может тебе поможет.
The following methods require that the Skin modifier be the displayed modifier in the Modify panel, and that the Modify panel is active.
skinOps.addbone <Skin> <Bone_node> <Update_integer>
Adds a bone to the current system.
For Update_integer, - 1 forces a complete update and redraw, 0 does not update the system. This allows you to add a bunch of bones to a system and then update once at the end.