В Render Global Settings->
Enable Render Layers -> on
Enable Render Layer Passes -> on
ну а далее можно, при желании вкл. Output to Subdirectories для структурирования.
а далее управляешь установками рендеринга своих Layer-ов.
P.S. Там все так прозрачно, что... какие вопросы- то...?