Можно в диалоге сохранения жмакнуть галку Compress, тогда файл станет сам себе архивом и будет сохраняться значительно дольше. Однако это может не иметь эффекта, если в нём (упаковано непосредственно в файл) много "тяжёлых" текстур (>2K, HDRI). Возможно, стоит пересмотреть структуру проекта, по возможности сделать повторяющиеся объекты инстансами, распаковать текстуры в отдельную папку и т.д.