Разобрался!!!
Если создаёщь объект снизу вверх то так и получается, с перевёрнутыми координатами(как я обычно и делал открывал программу, в Tool выбирал сферу(цилиндр и др. и тянул снизу вверх так и получались координаты перевёрнуты).
А если тянешь сверху в низ тогда координаты получаются нормальные