Вспомнил одину статью про Pivot. Дак там было сказано, что помогает в этих случаях модель экспортировать и импортировать обратно. Попробовал, все в порядке. Единственное, что разочаровало, док это без материалов прошёл экспорт модели обратно, а так Pivot вернулся в правильное место. Плюс использовал Symmetry. Хотя не обязательно.