текстуры в 3.5 нужно указывать в той же палитре Tool-Texture Map - это для того, чтобы можно было назначить отделььные текстуры для каждого сабтула.
В R2 действительно есть недочет с прозрачностью, но это не баг - это ghost transparency. В R3 есть два варианта прозрачности
материалы сабтулам можно назначить, если разрисовать их в режиме MRGB или через СабтулМастер, который для второго релиза тоже не предусмотрен
поставь R3