Взято с http://nle.ixbt.com/
"Найти в папке Application Data\Adobe\After Effects\Prefs файлы AfterFX.ini и Adobe After Effects 5.5 Prefs.txt и удалить их. Все будет работать, но все установки рендеринга и т. д. придется проделать заново. После чего сохранить эти файлы и в дальнейшем при появлении глюков восстанавливать."