скорее всего модели очень тяжелые.
Я в Блендере с булем вообще как-то не балуюсь. Операция своеобразная, в каком пакете не делай.
лучший буль какой я видел это все же в зибраше. Ему там такое впечатление, что откровенно пофигу сколько полигонов.
Во вьюпорте рисует все без тормозов.
Ну если уже булеан фиксировать тогда конечно зависит от полигонажа, но все же вполне умеренно.