как варианты:
1. resize > transform > merge, фильтр оставить включеным только в resize.
2. transform(+в нем скейл)>merge, с фильтром аналогично,
3. сам merge(в нем трансформ и скейл)
Хех, ребята, рано стал волноваться, так как после рендера отсчиталось все нормально лесенка исчезла в просчитанных файлах. В ноде все фильтры перебирал, естессно. Все просто, включил превью в hiquality и баг пропал. Извините за беспокойство.