Именно "плагины", то есть вещи типа Saphire, как правило, инсталлируются сами в нужные папки.
Скрипты, которые ты, например скачал с Highend2D, ставятся так:
Скрипт состоит из двух или трех файлов:
Сам скрипт (файл с расширением *.h) кладется в папку /include/startup
Его интерфейс (тоже с расширением *.h, но имя файла зканчивается на UI) кладем в /include/startup/UI
Иконку (файл *.nri, его может не быть) кладем в /icons
Директории можно определить свои при помощи переменной окружения NR_INCLUDE_PATH. Также Shake по умолчанию копает $HOME/nreal/include, разумеется $HOME ты тоже можешь определить в системе.
Более подробно смотри в документации, там все это хорошо расписано
Да, еще если хочешь возиться со скриптами, то сразу совет, поставь себе FAR manager, на него повесь плагин Colorer и только тогда достигнешь нирваны. А про виндовозный Эксплорер, забудь и не вспоминай никогда!