если кризы не делал на этих местах, то похоже на перевернутые нормали, если конечно у тебя включено отображение бэкфейсов. А то бы сразу видно было, что перевернуто. Если сходятся полигоны с нормалями глядящими в разные стороны, то как раз граница между ними будет косячная при сглаживании. Это в любом пакете так обычно.
после экструда вполне как раз может быть, если не в ту сторону выдавливание было.