как покрутить стороны кубика рубика независимо друг от друга

В чём проблема-то ? Чего суету разводите ?
1) Делаем отдельные составляющие куб кубики
2) У каждого кубика pivot point помещаем в центр куба
(для можно написать скрипт, а можно руками)
3) Далее по схеме:

Режим Set Key
Выделяем блок (блок кубиков, которые вращаем)
Ставим ключ
Двигаем time slider на требуемый frame
Вращаем блок
Ставим ключ

Выделяем следующий блок
Ставим ключ
Двигаем time slider на требуемый frame
Вращаем блок
Ставим ключ

... ну и т.д.

Проблема решается за пять секунд ... больше разговоров