Напрямую можно указать область действия только для тех эффектов, которые в своих настройках имеют или возможность ограничения маской или распространения эффекта относительно точки управления им. Довольно большое количество эффектов настраивается на основе ч\б градиентов (из тех что в поставке с АЕ - композитные эффекты, эффекты группы simulation, gradient wipe и т.д).
Как, например, "напрямую" ограничить действие эффекта fractal noise? Так что - маски, трэк матте, настроечные слои и т.д. (в зависимости от ситуации).