AI автоматоматом находит линкованные файлы, если они лежат в том же каталоге, что и AI-файл.
InD сам находит линкованные файлы, если они лежат в том же каталоге или в подкаталогах рядом с INDD-файлом. Или, если сразу не найдёт, достаточно запустить Update Links или Relink и явно указать, где лежит один этих файлов (но все одни должны лежать рядом друг с другом).
Про FH не знаю.