Поставь 7й Шоп, он не только прозрачность, но и слои, маски и лейер стили сохраняет.
А прозрачность из альфа-канала можно сделать, применив его как маску:
Ctrl + клик мышью по альфа каналу (чтобы сделать выделение), переход в Layers, активизация слоя, потом Layer>Add Layer Mask>Reveal Selection.
Если все устраивает, то Layer>Remove Layer Mask>Apply