1. Если используется одна текстура, но в разных материалах (вот я, например, умудрился запихнуть на одну текстуру глиняный горшок, медный таз и стелянную бутылку))), то это уже плохо?
Смотря зачем ты делаешь несколько материалов с одной текстурой. Если для передачи разных свойств (например, как ты сказал - глина, медь,стекло), то так делать не совсем разумно, т.к. для меди и глины степень глянцевости будет одной, а для стекла неплохо было бы кьюбмэп использовать и т.д., и в таких условиях конечно придется настраивать материалы по-разному. Поэтому лучше группировать текстуры исходя из физ.свойств материалов, чтоб не делать разные варианты с одной и той-же текстурой, т.к. текстурное пространство ты вроде как сэкономил, уложив горшок, таз и бутылку в 1 текстуру, но число дроуколлов не изменилось.. Так что ты пробегись глазами по списку пропсов, которые собираешься делать и сразу составь план - что, куда, как группировать: дерево к дереву, стекло к стеклу и тд)
2. Если, например, я совмещу на одной текстуре два объекта, но, допустим, один из них будет на одной локации, а второй на другой, т.е. вместе появиться не могут, ну или есть еще третья локация, где они уже оба будут присутствовать, то тоже имеет смыл такая комбинация?
Зависит от кол-ва объектов, разложенных на текстуре. Если это огромный атлас с кууучей объектов на 1ой текстуре, то делать его в условиях, когда в сцене может быть всего 1 объект из этого атласа - хреново, т.к. ради 1го объекта в оперативке будет висеть здоровенная текстура. Но если речь о каком-нибудь тысячнике с 2мя объектами - то не заморачивайся, укладывай)