Мне пришел в голову такой вариант. Он неидеален - топология постоянно перестраивается, и в некоторых моментах возникают небольшие косяки. Но надеюсь он поможет или наведет на другой способ решить данную проблемму.
Смысл в том, что выделить точки или полигоны объекта воды в том месте, где находится лодка и выдавить их модификатором скажем Push или Displace. Сделать все это процедурно, чтобы при перемещении лодки, выделение менялось и соответственно менялась область выдавливания.
В общем как:
1) Назначить на объект, что имитирует поверхность воды, модификатор Vol.Select(Выделение по объему).
2) В пункте - Stack Selection Level выбрать пункт - Vertex
3) Там, где Select By выбрать Mesh Object и выбрать лодку. Вернее копию сетки лодки - ту сторону, что соприкасается с водой - без Shell и толщины. Получится что "вода" - мэш воды - будет выделяться только там, где находится лодка.
4) Назначить модификатор Tessellate, чтобы разбить сетку на более мелкие полигоны. Поскольку Vol.Select создал выделение, то поделятся только те полигоны, что попадают под выделение.
Настроки я поставил такие - уровень подразделения 4, ну и чтоб делил на квадратные полигоны.
5) Далее, когда сетка поделилась, где надо, я выделил опять эту область, назначив еще один Vol.Select - с теми же настройками, что и первый. Разница только, что теперь выделяется более плотная сетка внутри лодки.
6) Потом такие действия. Из прежнего выделения надо сделать мягкое выделение. Делаю копию меша того что используется в первых Vol.Select. Скейлом делаю его меньше.
7) Назначаю третий Vol.Select модификатор. Настроки все те же. Только для выделения я использую уже отскейлиную вторую копию и Selection Type выбираю Add(Добавить), то есть прибавляю мягкое выделение к тому, что было.
8) Ну и все. Назначить скажем Push и выдавить "воду".
Та копия что мелкая - её можно скейлить - управлять выделением.
Вот ссылка на максовскую сцену -https://yadi.sk/d/BeU8VFhgdx9zZ в помощь
В общем, как-то так. Надеюсь, это Вам поможет