Нет, такие вещи только вручную -- AI ведь не "верстак" и не редактор формул.
Нижний индекс точно под верхний можно поставить если установить курсор перед этим символом и выствить Kerning (параметр, сразу под размером в палитре Character) примерно -1000.
Но лучше, всё-таки, формулы верстать специальным редактором, например, MathType, особенно, если их много.