это глюк МАХбулеан. он по природе плохо работает.. люди которые с МАХ давно - булеан операций избегают. покрайней мере после каждой операции рекомендую - convert to editable mesh. Есть плагинчик power boolean - он глючит меньше(!). рекомендую ознакомиться тут -
http://www.render.ru/forum/search.php?f=3
по словам boolean, power boolean , булеан..и т.д.