Если я правильно понял, вопрос не в том, что иллюстратор не отслеживает изменения линкованного файла, а в том, что при изменении его размера изменяется масштаб (в процентах) в илле, при этом размер прилинкованного изображения остается неизменным. В этом случае можно только сделать place по новой, replace link не помогает.
>Arcady: а что это за link option? - я что-то такого не нашел.