Смотри...
Верхний слой по умолчанию накладывается на нижний с заменой растра.
Попробуй во вкладке Layers поменять значения полей Opacity (это типа непросзачность слоя)
потом Fill и способ наложения (слева от Opacity), возьми че нить отличающееся от Normal.
Затем ты склеиваешь, фактически, то что видишь...
Кстати прозрачность можно делать и "вырезанием прозрачных областей"
Смотря что там за рисунок, я ж уже говорил
Извини что "так" обьясняю, просто не знаю твоего уровня знаний PS.