Вопрос сложный, в двух словах не расскажешь.
Еще раз скажу, частично я уже здесь говорил на эту тему (на тему истории), по-моему когда обсуждали "разные инстансы". Если интересно, там можно посмотреть один из вариантов, когда история чистится не вся. Это не имеет отношения к Вашей ситуации, но показывает, что не все так просто.
Чтобы сказать, как полностью очистить историю, нужно посмотреть сцену (историю чего нужно очистить) и понять, что должно получиться на выходе. И не факт, что очистка истории вообще возможна без ущерба.
Но не факт, что в Вашем случае именно история виновата. Я это сказал как одну из возможных причин.
Чтобы конкретнее получить ответ, нужно выложить сцену.
Может быть кто-нибудь и разберется, почему слетает развертка.
Без этого точно на Ваш вопрос не ответишь.