Я помню, всплывала как-то подобная тема, но там немного по другому было. Мужик использовал аудио из другого видео, кодированного в MPEG-4, с дорожкой в MP3. Магию появления этого глюка так понять и не удалось, кроме как поменять дорожку на WAV. Что-то не так, но на что именно "аллергия" - не ясно.
Ну, каким-нибудь кодировщиком, который умеет конвертировать MP3 во что-то другое. Ну, хотя бы, тем же FooBar2000.