2wpiggy: ответ неверный, но спасает твоё "наверное"
2Ivan: считать отдельные FileOut можно и нужно
1. уже давно есть опция "-node", которая считает выборочные ноды:
$ shake -script script_name -node FileOut1 FileOut2
2. в 2.51 появилась опция "-render" ещё более правильная и подходящая тебе, т.к. можно указывать не только нужные ноды, но и time range для них
$ shake -exec script_name -render FileOut1 1-20 -render FileOut2 40-50
--
keep of shaking!