Скорее всего это вызвано разными настройками единиц измерения в ваших 2-х сценах которые вы объединяете. Например: 1-я сцена в милимметрах, а 2-я настроена на дюймы. При объединение таких сцен макс обычно задает вопрос как ему с этим быть и прроблем не возникает.
Однако я сталкивалась с этой проблемой и в 5 максе и в 8-ом и сейчас в 2009. Так что от версии это точно не зависит.
Самый простой способ решить проблему, но не самый удобный это объекты которые вы переносите в другую сцену конвертировать в поли или меш и приотачить все, чтоб вы переносили только 1 объект, а не 33 объединенных в группу.