Да бывает, но тому есть объяснение и способы предотвращения.
Текст может иметь заливки и контура двумя способами:
1. как всякий другой объект, у которых заливку и контур видно в Appearance? когда он выделен инструментом Select (любым из них)
2. заливку или контур имеют символы текста, Characters — их тоже видно в Appearance, но их заливку или контур можно там увидеть, выделив тект инструментом Type.
Иногда, в силу разных обстоятельств, может случиться так, что текстовой объект имеет заливку и/контур, а его Characters лишены и того и другого. Именно такие текстовые объекты и удаляются «ошибочно» командой Clean Up (Empty Text Path).
Чтобы этого избежать можно, во-первых, пройтись по видимым текстовым объектам на предмет выяснения того, как они крашены, и если что, подправить.
Но можно просто выделить видимые текстовые объекты и заблокировать их перед выполнением Clean Up. Это во-вторых.
Предпочтительнее, хоть и хлопотнее, первый вариант, потому, что может случиться так, что у текста окажется две заливки (два контура, но по недогляду это бывает реже, чем с заливкой) — одна у объекта, вторая у Characters. А это может сыграть злую шутку в самый не подходящий момент, поэтому лучше перестраховаться.
А поскольку ты эту проверку делаешь не ради самой проверки, а ради другой операции, то одним выстрелом убъёшь двух зайцев — и пустые объекты удалишь, и в оставшихся порядок наведёшь.