Не знаю насчет количества полигонов, а вот то, что булить нужно только два объекта - святая правда, иначе (если булить булеаны) результат может быть самым удивительным. Т. е. нужно преобразовать один из маленьких кубиков в Editable Mesh и приаттачить к нему все остальные маленькие кубики, таким образом получится один объект, который можно булить с большим кубом.
Проблемы начинаются, когда нужно, допустим, добавить еще один маленький кубик к тем, уже пробуленым, но эта проблема легко решается:
1. Дорисуй чего ты там хочешь добавить.
2. Выбери свой булевский объект и вернись по стеку модификаторов до Boolean. Там есть такой свиточек Parameters, в нем есть список объектов, участвующих в булевской операции. Выбери из него свои маленькие кубики, при этом активизируется кнопа Extract Operand.
3. Под этой кнопой выбери Instance и выдели операнд (нажми кнопу). Теперь у нас есть точная копия (точнее экземпляр) операнда, причем когда мы будем изменять этот экземпляр, будет изменяться и булевский объект, т. к. изменяется и входящий в его состав операнд (потому как Instance, с Copy этот номер не пройдет).
4. Теперь можно приаттачить к полученному экземпляру чего нужно и смело его удалить (экземпляр). Оригинал сохранит все изменения.
Эту технику я применял для проделки окон в стенах. Техника хороша тем, что позволяет в любой момент изменить положение и вид дырки в стене, не переделывая стены.